В исторической центре города, внутри крепостных стен, выше улицы Эгнатия на одном уровне с храмом Святой Софии расположена базилика Панагии Ахиропиитос (Παναγία Αχειροποίητος). Раннехристианская достопримечательность сохранила свои формы и вид со времени постройки (V век).
Одна из первых святынь, построенных в византийских Салониках после восстания Зилотов (1341-1347). Затерявшаяся среди бетонных джунглей историческая достопримечательность находится напротив Триумфальной Арки Галерия. Через нестандартные иконографические сюжеты (середины XIV века) и образы, наполненные тревогой, страхом и беспокойством иконописец передаёт характерные черты эпохи увядающей Византийской империи.
Святой Великомученик Димитрий – покровитель и защитник города Салоники, пострадавший во время преследований христиан в IV веке. На месте мученичества святого после 313 года строится первое святилище, которое будет перестроено в V и VII веках. В 1917 году пожар уничтожит базилику святого Димитрия. Редкие мозаики и росписи, находящиеся под штукатуркой, сохранятся лишь частично.
Церковь Пророка Илии – византийский храм середины 14 века. Уникальный архитектурный тип святыни, идентичный афонским монастырям, реалистичные образы на фресках собора, напоминающие о драматических событиях в Салониках во времена восстания Зилотов.
Среди узких и изогнутых в форме меандра улочек Верхнего города — район Ано Поли в Салониках, где заканчивается улица Святой Софии, на крутом склоне приютился в тупике крохотный монастырь Латому (греч. Μονή Λατόμου).
На пересечении улиц Гермеса (Эрму) и Св. Софии в городе Салоники возвышается храм Святой Софии, посвящённый Христу, вочеловечившемуся Слово-Богу и Премудрости Божией. Софийский собор в Салониках представляет уникальное сооружение, спроектированное при переходе от базилики к крестово-купольной архитектуре, с исключительной мозаикой иконоборческого периода.
На пересечении улиц Эгнатия и Палеон Патрон Герману, напротив церкви Преображения Спасителя, расположен храм Панагуда (рождения Богородицы) или Панагии Горгопиикос (Скоропослушницы) греч. Ιερός Ναός Παναγούδας (Γενέσιον της Θεοτόκου) Παναγία Γοργουπήκοος.
Возведение собора Панагия Дексия осуществлялось с применением передовых технологий, с использованием современных материалов, но при этом техника наложения мозаики и фресок святыни, а также архитектура заимствованы у византийских мастеров.
Храм Ипапанти (Сретения Христова) – достопримечательность, прошедшая несколько стадий переустройства и реконструкций в течении веков. Современная церковь от 1841 года сменила в своё время собор монастыря Иоила, восстановленный после 1531 года.
Церковь Неа Панагия (Успения Пресвятой Богородицы) – возведение датируется началом XVIII века на фундаменте более древней святыни, сгоревшей в пожаре 1690 года. Исследования, проводившиеся во время раскопок, подтверждают существование собора ещё в XII веке от Рождества Христова.
Среди витиеватых улочек верхнего города, у восточной крепостной стены, вдали от мирской суеты и шума возвышается церковь Святого Николая Орфаноса (Сироты) (Αγίου Νικολάου του Ορφανού) – кафоликон Византийского монастыря. В Византийскую эпоху в городе Салоники в соответствии с догматами христианской религии возводят православные храмы. Обители в правление последней династии Палеолог играют большую роль в политической стабильности империи.
Монастырь Влатадон (греч. Ιερά Μονή Βλατάδων) посвящён Преображению Спасителя. Во второй половине XIV века монах Дорофей Влатис (или Влатадони), уроженец Крита и его брат Марк, последователи «исихазма» — учения Григория Паламы, основали монастырь в Салониках, посвящённый изначально Вседержителю (Пантократору) Христу.
Монастырь святых апостолов – редчайшая достопримечательность византийских Салоник. Мозаики собора имеют идентичную схожесть с монастырём Хора и церковью Богородицы Паммакаристы в Константинополе. Монастырь расположен к югу от улицы святого Димитрия у западной крепостной стены, где находились одни из четырёх крупнейших ворот входа в город, которые назывались Litaia Pili.
Церковь Святого Мина считается одной из старейших христианских святынь в Салониках. Её постройка датируется концом Ⅴ — началом Ⅵ века нашей эры. Несмотря на пожар 1839 года, который нанёс катастрофический урон раннехристианской достопримечательности, храм был восстановлен в 1852 году согласно существовавшему архитектурному плану.
Возведенный во второй половине XIX века Храм Святого Антония, покровительствующего душевнобольным, до середины 50-х годов прошлого столетия составлял комплекс зданий для нуждающихся в лечении психических недугов.
Среди паутины изогнутых улочек Верхнего города, в серверо-западной оконечности крепости города Салоники, на пересечении улиц Тсамду и Идипода, немного выше улицы Олимпиадос находится храм Святой Екатерины Александрийской. Неорганизованная застройка послевоенного периода в непосредственной близости от достопримечательности закамуфлировала элегантный шедевр Византийского зодчества от любопытствующих взглядов за невыразительными сооружениями жилого фонда.
В историческом центре города Салоники, южнее римской агоры, по соседству с мастерскими по обработке медных изделий возвышается церковь Панагия Халкеон — Пресвятой Богородицы или Богоматери медников. Византийскую достопримечательность легко заметить по терракотовому, ближе к красноватому оттенку цвету, поскольку храм целиком выложен из красной плинфы, т.е. монолитного кирпича, за что в народе получил прозвище «красная церковь».
В 40 километрах от города Салоники, на южном склоне большого холма Омвриано у горного хребта Хортиатис, возвышается Патриарший Ставропигиальный монастырь Святой Великомученицы Анастасии Узорешительницы, Агии Фармаколитрии (Ιερά Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή Αγίας Αναστασίας της Φαρμακολυτρίας).
К юго-востоку от храма Святой Софии, на пересечении улиц Иктину и Макензи Кинг, в окружении многоэтажных построек, в прохладной тени деревьев находится баптистерий Святого Иоанна Крестителя города Салоники значительно ниже уровня дороги.
Армянская церковь в Салониках посвящена Богоматери и была возведена в 1903 году согласно плану архитектора Витальяно Позелли. Достопримечательность с момента постройки оказалась религиозным и общественным центром жизни армянской общины в Салониках. Однонефная базилика у входа которой расположены 3 башни, центральная из них самая высокая – три этажа.